Остров Алонисос расположеный в центре архипелага Северные Спорады, вытянулся с юго-запада на северо-восток на 11 морских миль. Ширина острова в разных местах от 1 до 3 миль. На юго-западе Алонисос отделен от острова Скопелос проливом Алонисос шириной 2 морские мили, а на северо-востоке — от острова Кира-Панайя (Пелагониси) проливом Пелагониси шириной в 3,5 мили. Во всю длину острова протянулся горный хребет Кувули высотой до 456 метров. Склоны хребта покрыты хвойными лесами.
Протяженность береговой линии Алонисоса около 35 миль. Наиболее изрезанное и изобилующее бухтами, подходящими для якорных стоянок яхт, юго-восточное побережье. Административный центр и паромный порт острова - Патитири - находится на юго-восточном побережье в миле от южной оконечности острова. Кроме Патитири, на острове есть еще несколько деревень, связанных между собой автомобильными дорогами. Яхты могут пришвартоваться к пирсу в Патитири, Ватси и Геракасе.
Главной достопримечательностью острова является Национальный морской парк Алонисос - первый морской заповедник Греции и самый большой морской заповедный регион Европы, площадью 2220 квадратных километров. Морской парк, включает в себя, кроме морской части, остров Алонисос, 6 маленьких островов (Кира-Панайя, Перистера, Пиперион, Псатура, Скандзура и Юра) и 22 острова-скал. В заповеднике встречаются сотни редких видов растений и животных.