Остров Молат находится в 18-ти милях от материкового побережья Хорватии , в двух милях севернее острова Дуги-Оток и в 20 милях западнее порта Задар. На севере Молат отделен узким проливом от острова Ист.
На острове расположены только три небольших поселения: Молат, Запутел и Бргулье, которые были созданы для защиты от проникновения пиратов вглубь страны. Молат и Бргулье находятся в большом заливе на юге острова, а Запутел - на севере острова. Эти небольшие порты являются основными местами стоянки яхт на острове. Кроме того есть несколько якорных стоянок в небольших бухтах вдоль всего побережья острова.
Молат связан паромным сообщением с соседними островами и Задаром.