Через остров Меганиси проходят практически все яхтенные маршруты по Внутреннему морю. Это объясняется в первую очередь его центральным положением во Внутреннем море между островом Лефкас и материком. Немаловажную роль играет также наличие разнообразных стоянок яхтенных стоянок на северном побережье острова: от совсем "диких" якорных стоянок до яхтенной Одиссей марины.
Большая часть яхтсменов, посещающих остров Меганиси, путешествуют на яхтах взятых в аренду в Лефкас марине. Причем наиболее распространенный срок аренды одна неделя. Эти условия накладывают определенные ограничения на маршруты. В результате такие яхтенные маршруты обычно включают острова Лефкас, Меганиси, Итаку и, реже, Кефалонию.
Эти же острова включаются в двух- трехнедельные маршруты с острова Корфу на яхтах, взятых в аренду на острове Корфу в Гувия марине.
Путешественники на собственных тоже не обходят стороной остров Меганиси, но их маршруты непредсказуемы, так как чаще всего владельцы яхт не так жестко ограничены временем, как путешественника на яхтах взятых в аренду