Источник: www.wikipedia.org
Остров был заселён ещё в эпоху палеолита. Первыми известными жителями были представители народа лелегов, населявших остров с XV века до нашей эры. Принадлежность лелегов к индоевропейскому или до-индоевропейскому населению Греции является предметом дискуссий. Гомеру остров был известен под именем Сама (Σάμη) или Самос(современный городок Сами на восточном побережье носит то же имя), но, скорее всего, в тот период он был малонаселён. Гомер упоминает в «Списке кораблей» в «Илиаде» «кефалленян». Уже в классический период остров был известен под сегодняшним именем, имел значительное население и четыре известных города.
В октябре 1798 года, во время Войны второй коалиции, отряд адмирала Ф. Ф. Ушакова, в ходе его триумфального Средиземноморского похода, выбил французский гарнизон с Кефалинии, захватив при этом 56 артиллерийских орудий. За время управления Ушаковым Ионическими островами на Кефалинии вспыхнули внутренние беспорядки из-за борьбы враждовавших между собою партий; адмирал, написал кефалонийцам, что в случае продолжения беспорядков он отправит зачинщиков в такие места, «откуда и ворон костей ваших не занесет», чем быстро прекратил смуту.
При уходе в 1800 году русского флота с Ионических островов в Чёрное море кефалонийцы, в знак признательности, поднесли Ушакову большую золотую медаль с изображениями адмирала (надпись вокруг: «Доблестный благочестивый Федор Ушаков, главнокомандущий рус. флотом»), крепости Корфу и островка Видо, между которыми стоят 2 французских корабля, а перед Видо — 6 русских кораблей (надпись: «Всех Ионических островов спасителю Кефалония»).
В 1953 году остров значительно пострадал от землетрясения. Были разрушены все города и большинство деревень, за исключением самого северного населённого пункта Фискардона.