Большая часть маршрутов яхтенных путешествий по Ионическому морю проходит по островам. Подавляющее большинство путешествует по акватории Ионического моря на яхтах, взятых в аренду. Основные чартерные компании, предоставляющие яхты в аренду базируются в Ионическом море в двух местах - в Лефкас марине на острове Лефкас и в Гувия марине на острове Корфу. Есть еще несколько полнофункциональных яхтенных марин, расположенных на крупных островах - Корфу, Лефкасе, Кефалонии. Плата за стоянку яхты в марине достаточно высокая - примерно 1-1,5 евро за фут длины яхты.
На более мелких островах основными местами "окультуренных" стоянок яхт являются небольшие рыбные порты и причалы для яхт, принадлежащие ресторанам. В таких местах как правило можно подключить яхту к береговому электропитанию, заправить водой и топливом. Плата за стоянку в порту обычно небольшая, но за воду и электричество возможно придется заплатить отдельно.
Третьим типом яхтенных стоянок являются якорные стоянки и стоянки на буях. Чаще всего эти стоянки бесплатные.